2008年5月12日，四川省汶川縣發生8.0級特大地震，造成大量水利設施不同程度受損，且因山體滑坡堵塞河道，形成多處堰塞湖，對下遊老百姓生命财産構成了嚴重威脅。

面對危機情勢，設計院迅速響應，抽調生産線上的精英，派出包括徐麟祥大師在内的100餘名專家、技術骨幹和工作人員，參加水利部抗震救災四川、重慶、雲南、湖北多路工作組，曆時一個多月，完成了300多座震損水庫、10餘處堰塞湖、13座水電站的現場查險任務，編制完成了23座水庫的應急除險方案，并為唐家山堰塞湖成功除險提供了強有力的技術支撐，做出了重大貢獻。

全院共為汶川地震災區捐款達300餘萬元，棉衣棉被200餘套。

設計院獲全國水利抗震救災先進集體，楊啟貴總工獲全國抗震救災模範，甯磊獲全國三八紅旗手，140餘人獲上級表彰。

2009年，設計院按照水利部的要求，又派出4名專家支援震區的災害重建，現場工作也獲得一緻好評。